تعد هيئة النيابة الإدارية هي حائط الصد الأول لحماية المال العام والدفاع عنه، بالإضافة إلى كونها هي الجهة الأمينة على الدعوى التأديبية بداية من وقت التحقيق في المخالفات الإدارية والمالية للموظفين المتجاوزين، إضافة إلى دورها الأساسي في مواجهة الفساد الإداري والمالي، كونها هي الجهة القضائية المنوطة بالتحقيق وإقامة الدعوى التأديبية في هذا الشأن. 

وعلى هذا أتاح قانون الخدمة المدنية الحق للموظفين العموميون والعاملين بالقطاع العام، بالطعن على الأحكام الصادرة عن المحكمة التأديبية في القضايا التي يتم إحالتها لها من النيابة الإدارية عقب الانتهاء من التحقيقات فيها، ويكون الطعن على هذه الأحكام والقرارات، ويكون ذلك الطعن أمام المحكمة الادارية العليا التي هي جزء من القسم القضائي لمجلس الدولة المصري.

أيضا أعطى قانون الخدمة المدنية الحق لرئيس هيئة النيابة الإدارية الطعن على الاحكام الصادرة في الدعاوى التأديبية بالإضافة للموظف المحال للمحاكمة، ولرئيس هيئة مفوضي الدولة الاختصاص بالطعن على احكام الفصل بناء على طلب الموظف المفصول، وذلك في القضايا التي تحقيق فيها النيابة الإدارية.

تعتبر المحاكم التأديبية جزء من محاكم القضاء الإداري بمجلس الدولة، حيث تعتبر هي المحكمة المنوطة بنظر الدعاوى المحالة لها من النيابة الإدارية عقب انتهاء التحقيقات فيها مع الموظفين المدنيين بالجاهز الإداري بالدولة من المتجاوزين أو وأعضاء مجالس إدارة التشكيلات النقابية المشكلة طبقاً لقانون العمل وأعضاء مجالس إدارة التشكيلات النقابية المنتخبة والعاملين بالجمعيات والهيئات الخاصة التي يصدر بتحديدها قرار من رئيس الجمهورية، والخاصة بالمخالفات المالية والإدارية.

أيضا من ضمن اختصاصات المحكمة التأديبية نظر الطعون المقدمة من قبل الموظفين العمومين، والتي تطالب بإلغاء القرارات النهائية للسلطات التأديبية، بالإضافة إلى نظر الطعون ونظر الطعون في الجزاءات الموقعة على العاملين بالقطاع العام في الحدود المقررة قانوناً.

وتتكون من المحاكم التأديبية للعاملين من مستوى الإدارة العليا ومن يعادلهم ومقارها في القاهرة والإسكندرية وتؤلف من دائرة أو أكثر تشكل كل منها من ثلاثة مستشارين والمحاكم التأديبية للعاملين من المستويات الأول والثاني والثالث ومن يعادلهم ومقارها في القاهرة والإسكندرية وتؤلف من دوائر تشكل كل منها برئاسة مستشار مساعد على الأقل وعضوية اثنين من النواب على الأقل. ويجوز بقرار من رئيس المجلس إنشاء محاكم تأديبية في المحافظات الأخرى بعد أخذ رأى رئيس هيئة النيابة الادارية  ويتولى أعضاء النيابة الإدارية الادعاء أمام المحاكم التأديبية ويدخل عضو النيابة الادارية في تشكيل المحكمة كممثل للاتهام ويعد حضوره جلسات المحاكمة واجب اذ تبطل الجلسات إذا لم يحضرها عضو النيابة الادارية.